El establecimiento lleva 284 años educando a los jóvenes atacameños desde que fue fundado en 1732 cómo Escuela La Merced, por los sacerdotes Mercedarios, quienes se mantuvieron en el establecimiento hasta 1888, cuando fueron reemplazados por los sacerdotes Escolapios, quienes la denominaron en su parte de enseñanza básica: Escuela Parroquial Emeterio Goyonechea. El nombre de Liceo Católico Atacama se lo debe al Obispo Guillermo Carter, quien  lo utilizó en 1872 al denominar Liceo Católico de Atacama al Seminario Conciliar que fundó en las entonces dependencias de la Escuela la Merced. Después de la partida de los sacerdotes Escolapios en 1903, el nombre de Liceo Católico de Atacama se dejó de utilizar al ser reemplazado por el de Liceo Alemán de Copiapó, por parte de los sacerdotes del Verbo Divino, que tomaron su administración, siendo los sacerdotes Franciscanos Belgas que lo utilizan nuevamente en 1953, cuando abren sus puertas con el nombre que utiliza el establecimiento hasta el día de hoy: Liceo Católico Atacama. Sin embargo,  recién en 1979 adquiere la estructura con que lo conocemos hoy en día, al fundirse la escuela básica Nuestra Señora del Carmen con el Liceo Mixto Sagrado Corazón.

Orígenes: Escuela La Merced.

El Liceo Católico Atacama es parte de la historia de la región, ya que existe desde La Colonia, 86 años antes del surgimiento del Estado de Chile propiamente tal. En el primer CENSO que realizaron en nuestro país los hermanos Carrera, después del primer cabildo celebrado en 1810, el Liceo Católico Atacama, por ese entonces Escuela La Merced, figuraba cómo el único establecimiento educacional en Copiapó, con 60 alumnos, por lo que la gran mayoría de los próceres que dieron origen a nuestra patria en Atacama y conformaron el Estado de Chile hasta la segunda mitad del siglo XIX, fueron ex alumnos de este establecimiento educacional, ya que fue el único que existió hasta que se fundaran por parte de la Masonería y el Estado, la Escuela de Minas en 1857, los liceos de Hombres en 1866 y de Niñas en 1877; las escuelas Bruno Zavala en 1868, Bernardo O’Higgins en 1876 y Abraham Sepúlveda en 1885. Es así cómo en este establecimiento se formó el empresario y político Pedro León Gallo (1830-1877), el Premio Nacional de Literatura Salvador Reyes Figueroa (1899-1970) y el gran profesor que desarrolló los planes olímpicos en Chile Orlando Guaita Botta (1939-1974), entre otros de mucha relevancia para la formación y desarrollo de nuestro país.

La  función educativa del Liceo Católico Atacama se remonta  a 1732 cuando los  frailes  Mercedarios  crean  un convento y la Escuela La Merced a un costado de la Iglesia del mismo nombre, que en la década de los 80 del siglo pasado, fue reemplazado por el actual Salón La Merced.

Escuela Parroquial Emeterio Goyenechea y Seminario Conciliar Liceo Católico de Atacama.

Tras la partida definitiva de los Mercedarios, en 1887, los  sacerdotes Escolapios  continuaron con  la  labor educativa hasta 1902, pasando a denominarse Escuela Parroquial Emeterio Goyenechea, en donde impartían la Preparatoria. Además los Escolapios mantenían funcionando en el mismo lugar el Seminario Conciliar y Humanidades Liceo Católico de Atacama que comprendía las clases para los aspirantes al sacerdocio que  consistentes en Latín, Filosofía, Teología, etc.

Liceo Alemán de Copiapó.

En 1903 se traspasa el  colegio  a la Congregación del Verbo Divino. El Liceo funcionó a partir de entonces con el nombre de Liceo Alemán de Copiapó, y tenía por objetivo dar a los jóvenes una educación cristiana y una instrucción sólida.

Escuela Primaria Emeterio Goyenechea.

Cuando la Congregación del  Verbo Divino abandona la región en 1917, el colegio quedo sólo como Escuela Primaria Emeterio Goyenechea.

Liceo Católico Atacama.

En 1953, al iniciarse el año escolar, el Liceo abre sus puertas con el nombre de Liceo Católico Atacama, a cargo de los Padres Franciscanos belgas. El 22 de junio de 1953 recibe el reconocimiento estatal. Durante ese mismo año se incorpora la Enseñanza Primaria, cuando se integra al Liceo la Escuela Emeterio Goyenechea.

En el año 1967 el colegio siguió funcionando sólo con enseñanza primaria con el nombre de Nuestra Señora del Carmen, a cargo de la Congregación de las Hermanas Terciarias Misioneras Franciscanas.

En marzo de 1970 abre nuevamente sus puertas  bajo la dirección del Padre Oscar Cossemans Jeuris. En este año se decide unir al Liceo  Católico Atacama, con el Liceo Sagrado Corazón, formando así el Liceo Mixto Sagrado Corazón.

 En 1979  se une al Liceo Mixto Sagrado Corazón con el colegio Nuestra Señora del Carmen que concentraba la Enseñanza Básica, para   formar nuevamente el Liceo Católico Atacama, obteniendo el decreto cooperador el 4 de Junio de 1980.

Los Franciscanos belgas dejan el Liceo Católico el año 1992, cuando se retira del Padre Oscar Cossemans Jeuris. Con la partida del Padre Oscar, muchos integrantes de las familias tradicionales de Copiapó, y quienes se habían educado por generaciones en el colegio, optan por crear y comenzar a buscar establecimientos educacionales particulares pagados para la educación de sus hijos, bajo el pretexto de que “el liceo ya no es el mismo”. Sin embargo los logros que el establecimiento obtiene hasta el día de hoy refutan esa afirmación. En lo académico sus resultados siguen siendo similares a los que ha obtenido desde que existen registros de los exámenes que deben rendir sus egresados para ingresar a las Universidades del Consejo de Rectores, con sobre un 90% de ingreso de generación tras generación, por referirse al indicador académico de mayor interés de la comunidad.

En este sentido, el colegio figura cómo el liceo de Copiapó que mayor porcentaje de sus ex alumnos mantiene matriculados en educación superior, con un 99% de estos, entre las generaciones conformadas entre los años 2007 y el 2013, periodo que comprendió el estudio encargado por el Ministerio de Educación, y que es el único de su especie que se tenga registro para nuestra región.

El Liceo funciona hasta el día de hoy bajo la dirección de la fundación educacional Liceo Católico Atacama, cuyos miembros son designados por el Obispo de Copiapó, su dirección religiosa la realizan los sacerdotes Franciscanos Conventuales, siendo su Rector  en la actualidad por la señora Erna Fuenzalida

El aporte que ha realizado el Liceo Católico Atacama al país, la región y ha especial en Copiapó, rescatando el patrimonio cultural y educativo que con sus 284 años ha entregado una permanente formación cargada de valores cristiano católicos, en dónde la solidaridad, la fraternidad y la fe han sido los pilares que lo han sostenido como roca firme y lo proyectan con certezas hacia el futuro.